一位开源作者开发了“XXL-JOB”开源软件，采用GPLV3许可证托管在GitHub上，年发现某著名通信公司的员工以该开源软件为基础申请了专利。
XXL-JOB的作者将该事件公开，引发热议，随后开源中国介入。开源作者全权委托开源中国与涉事公司协商处理此问题，向国家知识产权局投诉，诉求包括：撤销申请专利；公开声明道歉。基于“自由、共享”理念开发的开源软件因开源而被他人或者竞争对手申请专利，日后面临侵权风险，我们能够体会作者的愤怒。
根据作者的介绍，该申请说明书中部分使用了该软件“README文档原文”，说明书附图使用了“XXL-JOB架构图”。软件的源代码及相关文档是著作权保护的客体，GPLV3并不是否认作者的著作权，而是在尊重著作权的基础上向后续的使用者或再开发者让渡了部分权利，如复制、使用、传播、修改等，虽然再开发者享有作者让渡的部分权利，但并不意味着可以以任何方式、任何目的行使上述权利，使用文档原文及架构图作为专利说明书发明部分不属于GPL3许可证授权的内容，也不属于合理使用（适当引用），涉嫌侵犯开源软件作者的著作权。
故意将他人已经公开的技术申请专利不具有正当性，有违诚实守信原则，专利法第四次修改将增加法条对该现象进行规制，当然这种情况由于不具有新颖性或创造性而无法获得专利权。但对已公开技术进行改进从而获得新的技术方案，改进者申请专利是专利法赋予的法定权利。该申请说明书虽然部分涉嫌著作权侵权，但如果该申请要求保护的技术方案是对该开源软件进行了改进，将该改进申请专利是改进者的权利。毕竟，开创性的发明并不多见，大部分发明都是已有智力劳动成果基础上进行，将该改进申请专利符合专利法的规定。如果该改进符合授权条件，当然可以获得授权，并不会因为改进的基础是开源而区别对待。但是，专利权的行使应当遵守GPLV3协议，对该开源软件的使用者及开发者免费专利许可。
专利法规定国家知识产权局设立的专利局具有“统一受理和审查专利申请，依法授予专利权”的职能，可以对专利申请不予受理，可以经法定事由、法定程序发出修改更正通知书，撤销某处分决定（比如手续合格通知书），可以驳回专利申请，但专利局以及第三人无权在专利申请过程中撤销申请人的专利申请。
根据作者的诉求，应是要求申请人“撤回”专利申请，并要求申请人道歉，这需要跟申请人交涉。专利审查指南规定，授予专利权之前，申请人随时可以主动要求撤回其专利申请，即使已授权，专利权人随时可以主动要求放弃专利权，但均需要满足一定的手续条件。
如果申请人拒绝撤回专利申请，开源软件作者仍然可以在授权前阻止该申请获得授权，即在发出授权通知书前向专利权提供第三方公众意见，说明具体情况。提供的资料存入该申请文档中供审查员在实质审查时考虑。在实际专利审查中，审查员也必然会谨慎对待。
由于该开源软件涉及互联网的使用公开，在提供第三方工作意见时最好提供公开时间的证据。需要注意的是，虽然审查员属于相关技术领域，能够获检索得源代码及相关文档，但让其读懂代码可能存在困难，最好针对源代码说明具体的软件流程或者以软件操作体现程序流程，以方便其审查。专利局对公众意见的处理情况，不会通知提出意见的公众。
通过以上分析可知，开源软件被他人申请专利，如果专利申请说明书中发明内容中原文使用了开源软件具有独创性的文档内容或架构图，而且不属于合理引用，不合理地损害著作权人的合法权益，则涉嫌著作权侵权，可以提起著作权侵权诉讼。
开源软件作者可以通过协商要求申请人撤回专利申请，拒绝撤回时作者还可以向专利局提出第三方公众意见，向审查员提供证据及理由，阻止该申请获得授权。由于审查员主要通过专利数据库和期刊论文数据库，附以必要的互联网检索，难以获得开源软件使用公开的证据，如果申请的专利已经获得授权，作者还可以通过向专利复审委提起专利权的无效。
可否通过协商将申请人的专利转让给开源作者呢？由于申请日在开源软件公开后，涉及软件的使用公开，该申请可能因为使用公开无法获得授权，即使获得授权，也极易被无效。这种专利的转让没有意义。
那么如何避免这种情况呢？开源软件的作者及贡献者在开源软件开发过程中所做的技术创新，应积极申请专利予以保护，专利的利剑掌握在自己手中，以占领主动权，避免受制于人，可以根据开源许可证无偿许可他人，守护开源软件的“自由共享”理念；获得的专利权也能够进行专利防御，同时避免他人采用相同的技术方案申请专利，对所开源软件形成威胁。
如果不想申请专利，应尽早将软件体现的技术方案或软件流程以出版物公开或者正规网站公开，避免他人申请专利权，日后侵权指控中也可以提起无效或者现有技术抗辩。国内的开源网站可以提供网络出版物，对开源软件进行技术性公开，防止他人申请专利独占软件技术。如开源发明网络（OIN）投资的LinuxDefenders即对软件技术进行防御性公开的网络出版物，并得到USPTO的支持，该出版物进入USPTO现有技术数据库。
软件是专利保护的新兴领域，各主要国家均承认软件的流程（计算机程序）作为专利保护的客体，并有加强的趋势。开源也是软件开发的默认选择，是未来软件开发的趋势。未来两者的交锋必然也会持续，如何平衡以并行不悖是业界需要思考的问题。