众所周知，一项发明创造完成后，并不能自然地获得专利权，必须要向国家知识产权局提出申请，才有被授予专利权的可能；有了专利权，才谈得上行使专利权以获得保护。然而，医思倍研究院发现，许多专利申请文件往往由于撰写质量不高，从而造成专利申请的授权率较低，甚至致使许多很有价值的发明无法获得有效的专利保护。特别是，在后续的专利无效以及侵权诉讼的过程中产生的许多问题都源自申请文件撰写中的缺陷。在日常的专利申请文件的审查中常见的问题概括起来有以下几个方面：
一、为了保护商业机密而导致公开不充分。许多申请人认为技术信息的充分公开与保护商业机密之间是相互对立、相互矛盾的关系，从而在实际操作中，常常为了保护商业机密而未将发明内容充分公开。例如：申请人实验出了一种新的工艺方法，却在申请专利时省去最关键的实验步骤；申请人发明了一种新的装置，却在撰写申请文件的时候刻意回避其中重要部件的结构或连接关系；等等。这些问题的缺陷在专利审查过程中是无法通过修改申请文件进行补救的。其结果会直接导致专利申请被驳回，无法获得专利保护。
二、一味追求大的保护范围而忽视修改空间。根据专利法的规定，发明或者实用新型专利权的保护范围以其权利要求的内容为准，说明书及附图可以用于解释权利要求的内容。权利要求中记载的所有技术特征是确定专利权保护范围的基础，也是侵权判定的基础。也就是说，如果他人实施的技术方案落在了该权利要求文字确定的保护范围之内就构成了侵权行为。
此外，由于在侵权判断的实践中，一般不会过分地拘泥于权利要求的文字，在大多数情况下还会较大地扩展权利要求的内容所表达的保护范围，对于存在某些差别的技术方案也会进一步判断这些差别是否在等同范围之内，也就是常说的等同侵权的判断。因此，一个权利要求的实际保护范围包括权利要求中明确记载的必要技术特征所确定的范围，以及与该权利要求中必要技术特征相等同的特征所确定的范围。
同时，审查员在专利审批过程中所起的作用一般是限制权利要求的保护范围，而不是扩大其保护范围。所以，申请人为了获取更大的保护，将独立权利要求确定为大范围后，就不再重视从属权利要求，以致在审查过程中为了克服新颖性和创造性的问题不得不将保护范围缩小到说明书中的具体实施方式，造成大部分权益的丧失。
三、专利保护类型确定不当。如果一项专利申请被授权之后，专利权人很难就他人实施其专利权的行为举证，或者即使他人实施了其专利，也不构成侵权，那么，这种权利要求类型或者保护范围就是不恰当的。例如，申请人本来发明的是一种新型结晶形态的物质，却以其制备方法的形式申请专利。试想，如果他人实施了这种方法，专利权人如何取证证明其侵犯了专利权人的专利权。如果无法取证，他人也就可以在不支付专利权人许可费的情况下实施该专利。这不但使申请人白白浪费了时间和精力，也使得他人从申请人公开的申请文件中无偿受益。
四、习惯使用自定义词语。申请人在专利申请的撰写中常常有意、无意地将研发过程中使用的一些自定义的词语带入权利要求书中，而且又不在说明书中对此做出明确的定义。由于这些词语既不属于本领域的规范用语，又不能在申请文件中找到相应的解释，即使本领域的技术人员也无法明确其含义。根据专利法中对申请文件修改的规定，不许申请人在后续的修改中添加对该词的限定，最终导致该申请因无法克服的缺陷而被驳回。